(1)預濕和建堆

將麥草直接加水預濕，維持2天左右，充分泡透。稻草、玉米秸、玉米芯等亦如此處理；棉籽殼、菌糠廢料，在堆發酵前2～4小時加水拌勻即可。除三維精素外，全部原輔材料進行建堆發酵。一層草料、一層牛糞（雞糞等）及輔料，層層堆疊。

一般建堆時牛糞應有剩余，不要全部鋪于料中，應在料堆頂部用牛糞順長堆起一尖頂，起到擋雨和防止料堆熱量上升散發過多的作用。

建堆完成后，料堆極似一排無門窗的平房。溫度計插入1米高料堆內40厘米，用以監測料溫。

(2)一次發酵

自建堆之日算起，分別滿6天、5天、4天、3天、2天各翻堆一次。目的是使邊料、底料、頂料混合均勻，經翻堆后溫度偏低的基料處于高溫發酵區（即有氧發酵區），得到充分發酵，由此改變其理化性狀，使營養得以有效分解和轉化。

翻堆方法：提前數小時對料堆噴水，使邊緣草料充分吸水。翻堆時先將堆頂牛糞扒下來，然后從料堆的一端開始，將邊料取下。把堆內高溫區料作為新料堆的底部和頂部，將邊料、底料、頂料翻入新料堆的中部位置。建新堆的程序仍同第1次建堆，將牛糞按層鋪上。

值得注意的是，在翻堆過程中，原料堆中的牛糞等輔料已很難完全取出，再重新鋪層，因此，盡量均勻地使之分布在各料層中。翻堆時應從第2層時開始適當補水，每層補水量視原料的含水量而定，以濕透而不滲流為宜，以免營養成分尤其是速效營養成分流失。第2次翻堆方法同上。第3次翻堆時，兌制800倍辛硫磷溶液，在每層料中均勻噴入，用量為每噸干料50千克左右，以驅殺料堆中的害蟲。

最后一次翻堆時，調整基料含水率，并將三維精素均勻噴入。兩天后攤開降溫，并調配含水率至65%、ph值8，冷卻至30℃以下或常溫，即可進棚鋪料播種。

(3)二次發酵法

室外發酵15天左右取料進棚，將全部基料順床基堆成大堆，關閉所有通氣孔、門、窗等，令基料自然升溫。2天后，即可往棚內近地面處通入蒸汽，有條件的可分別從大棚四角通入蒸汽，使棚溫、料溫迅速同步升高。

自燒蒸汽時，盡量采用小型蒸汽鍋爐，也可將多個油桶相接，注入水后大火猛燒，產生大量蒸汽，通過管道通入棚內，使料溫、棚溫同步達到56～60℃，并維持7小時左右。然后停止加熱，使棚內溫度緩慢自然下降，當測棚溫降至50℃左右時繼續加熱，通入適量蒸汽，保持該溫度5天。

期間應在每天中午氣溫最高時通風一次，注意通風時加大蒸汽通入量，以防料溫大幅降低。一般維持6天，即可撤掉氣源，通風降溫。待料溫降至28℃以下時，即可進行鋪料播種。