根據各地冬季的低溫情況，選用可以在當地安全越冬的、抗寒性較強的品種，最好是應選用從秋播越冬栽培的種株上采收的種子。

這種種子顆粒比較飽滿，而且其后代的抗寒性可通過自然選擇不斷提高。如果連年采用春播采種的種子播種，其后代的抗寒性會逐漸減退，抽薹期逐漸提早，從而影響越冬菠菜的產量和品質。

菠菜種子由于在種株上著生部位、開花期及成熟期的差異，種子的大小、重量和成熟度很不一致。據試驗，完全成熟的種子和大粒種子，發芽率低，而未完全成熟的種子和較小的種子，發芽率高。

據南京農民的經驗，秋播越冬采種的種子，果皮厚，發芽慢；春播當年收獲的種子，果皮薄，發芽快。這說明菠菜果實的果皮厚薄和木栓化程度對發芽有很大影響：果皮較薄、木栓化程度較低的種子，吸水和透氣性較好，容易發芽；反之，則不易發芽。

但是，菠菜種子的選擇不僅要考慮發芽率的高低，而且要考慮什么樣的種子有高產的潛力。據試驗，菠菜種子的大小和比重與越冬菠菜的采收期和產量有密切關系。經過用篩孔直徑為0.25厘米的篩子篩選，然后水選的大而重的種子，比未經篩選的種子的菠菜產量提高20.7%，而且出苗后生長迅速，可以提早采收。

這是一項簡單可行的增產措施，所以生產上應當選完全成熟的、大而重的種子播種。為解決發芽慢和發芽率低的問題，播種前可進行種子處理。