生料袋栽培平菇，如果室溫過高，通風不良，易發生雜菌污染，主要是綠霉菌、酵母菌及厭氣性細菌大量繁殖。所以，在發菌階段，應堅持每天適量通風換氣，特別是在夜間進行通風換氣，更能降低室溫，有利于健壯發菌。
并注意在菌袋的排放上，袋與袋之間要有一定的間距，不要重疊或擠在一起，防止產生較高的料溫而影響菌絲生長。
注意選用新鮮、干燥、無結塊、無霉變，并經日光暴曬2-3天的棉籽殼，且不必添加其他營養物質（如麩皮、玉米粉等）。如添加了麩皮等含氮量的有機物質，反而易污染。
為了調整酸堿度，在培養料中可加入2%左右的生石灰，使培養料呈弱堿性，有利于抑制雜菌的生長。
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