蘋果矮砧密植栽培，是節約土地、節約勞力、節約水肥藥資源、提質增效的蘋果集約化栽培模式。但是，我國目前蘋果矮砧密植栽培存在的問題，這些問題主要表現在以下三個方面：

一、盲目發展矮化密植蘋果園

從推廣區域來講，我國蘋果生產主要集中于渤海灣、西北黃土高原、黃河故道和西南冷涼高地四大產區，其中渤海灣產區和西北黃土高原產區生態環境符合蘋果生產最適宜區或適宜區指標要求。

從立地條件來講，在山區薄地、地勢不平、土壤瘠薄、干旱少雨、積水澇洼、風害較多、易遭霜凍、交通不便等條件下，均不宜發展矮化密植蘋果園。

二、忽視適宜砧木

在發展蘋果園時，不少果農僅僅要求是蘋果矮化砧木即可，而不管是否是當地適宜的矮化砧木。

矮化自根砧蘋果樹由于根系較淺，對肥水要求比較嚴格，不同矮化砧木的適應區域也不同，務必選擇肥水條件較好和無明顯環境脅迫的最適區推廣。

三、苗木質量過差

不少果農為了省錢或急于建園，使用苗木質量過差的速生苗或獨干弱苗，嚴重影響了幼樹的成活生長，果園不整齊。

4. 放松幼樹管理 不少果農在矮砧蘋果樹建園初期，認為果樹還未結果而放松果園管理，致使幼樹生長勢衰弱，病蟲害嚴重，從而造成不可挽回的損失，導致后續管理困難甚至前功盡棄。