對辣椒種子消毒，可殺死種子表面附著的病菌，提高種子的發芽率，增強幼苗的抗病性。常用的消毒和浸種方法有：

一、溫水浸種

用55℃溫水(種子體積的4～5倍)，裝在清潔的容器中，放入種子，不停攪拌至水溫降到30℃，再繼續浸種10小時左右。

二、溫水稀土浸種

將種子放入清潔的容器中，先用清水浸3小時，然后加熱水使水溫達到50℃浸15分鐘，水溫降到25℃時加入萬分之五的稀土水(1升水加入0.5克稀土)繼續浸泡10小時左右，出水后用清水洗凈即可催芽。

三、微量元素浸種

用0.003％的硼酸或0.02％的硫酸銅、硫酸鋅、硫酸錳等溶液浸種5～6小時，可促進早熟，并有增產作用。

四、藥劑浸種

先將辣椒種子在清水中浸4小時，出水后放入10％磷酸三鈉溶液中浸20～30分鐘，或預浸5～6小時，藥浸15分鐘，可防治病毒病。另外在20％的氫氧化鈉溶液中浸種15分鐘，也有防治病毒病的效果，因為磷酸三鈉和氫氧化鈉都可使病毒活力鈍化，所以有抑制病毒病作用。

五、催芽

辣椒種子浸種后反復用清水淘洗，除盡辣味，用紗布包起，放在大碗或小盆中，覆蓋濕紗布或濕毛巾，在28℃～30℃的條件下催芽，每天要用30℃左右清水淘洗兩遍，4～5天可出芽，25℃則需7天出芽。