煙草漂浮育苗是當前國內外較為先進的育苗方法。其設施及環境是病原體的主要來源。為確保培育出健壯、移栽成活率高的煙苗。漂浮育苗播種前必須重點做好以下幾項消毒工作：
一、育苗地消毒要嚴格
方法是先用鋤頭把雜草鋤干凈，放到田頭地邊曝曬幾天。以充分利用太陽光殺死部分病蟲源，減輕和消滅病蟲草害：在苗床地或池上撒適量生石灰或噴打育寶消毒。確保育苗環境清潔干凈。
二、育苗池消毒要仔細
用石灰水對磚縫進行澆淋消毒，池底噴打敵百蟲防蟲；鋪上墊膜后育苗池在使用前用32.7％斯美地50毫升，平方米熏蒸48小時以上，或者用30％漂白粉1000倍液進行消毒。
三、育苗盤消毒要徹底
新使用的育苗盤可以不消毒，但使用過的育苗盤一定要消毒。使用過的育苗盤中殘留的根系和基質比較容易帶病帶毒，特別是曾經發生過病毒病的育苗盤中殘留的根系和基質。
可以用1％～2％的福爾馬林或用0.05％～0.1％高錳酸鉀液噴灑后，覆蓋熏蒸1～2天：也可以用0.05％～0.1％高錳酸鉀液浸泡4小時。消毒后，用清水洗凈至無氣味后方可使用。
四、營養土消毒要充分
每500千克營養土用250毫升(半瓶)斯美地對營養土進行熏蒸消毒。先將營養土平攤在曬場上，約厚5厘米，把50毫升斯美地加入4千克水中，混合均勻后，澆在營養土上，濕透3厘米以上后，再覆一層土；
澆同樣濃度的斯美地溶液，重復成堆后，再用塑料薄膜將營養土覆蓋嚴實；10天后揭去薄膜，將土推平至5厘米厚，翻曬5天以上，每天翻松2～3次，使藥氣充分散出，待用。
要特別重視營養土的翻曬工作，使熏蒸后的營養土藥氣充分散盡，以防燒苗。
