辣椒特別容易受真菌、細菌、病毒侵染而發生根腐病、枯萎病、角斑病、炭疽病和病毒病，造成爛根死苗、落蕾爛椒、落葉枯枝和束頂卷葉，影響產量，嚴重時甚至失收。所以病害需從辣椒苗開始防治，操作方法參考如下：

在幼苗移植前，葉面噴灑一次800倍立異（1.4%辛菌胺乙酸鹽）、600倍植物病毒疫苗（0.5%菇類蛋白多糖）混合液，并根部淋施一次800倍枯草芽孢桿菌水溶液，以殺死滅絕吸附在莖葉上和潛伏在土壤里的各種病菌，并鈍化病毒活性。

在幼苗移植成活后，再每10~15天根部淋起一次1500倍灌地康活性生物菌水溶液，連續淋施了3~4次，每次每株淋0.5~1公斤，均勻淋在辣椒幼苗根部周圍的土壤中。

同時，每7~10天葉面噴灑一次500倍5%寧南霉素水溶液，或800倍50%氯溴異氰脲酸水溶液，或800倍立異（1.4%辛菌胺乙酸鹽）水溶液，連續噴灑5~6次，均勻噴濕所有的莖葉，以開始有水珠往下滴為宜。

殺死滅絕侵染辣椒植株體內的真菌、細菌和抑制病毒的活性，就能保證秋植辣椒不感染各種病害。