胡蘿卜為異花授粉作物，不同品種的采種田，應隔離2000米以上。
病害主要有黑腐病、菌核病、軟腐病。
黑腐病為真菌病。主要為害肉質根，形成不規則形或圓形、稍凹陷的病斑，其上生黑色霉狀物。后期肉質根變黑腐爛。宜在貯前剔除病傷的肉質根，并在陽光下曬后貯藏。采收和裝運過程中避免破損。
菌核病主要為害肉質根，被害部分軟化腐爛，表面生白色棉絮狀菌絲體和黑色鼠糞狀菌核。
軟腐病為害肉質根，被害部分軟化腐爛，汁液外溢，有惡臭。
蟲害主要有胡蘿卜微管蚜和茴香鳳蝶等等。在幼蟲數量少時，可結合其他害蟲的防治進行兼防。
在幼蟲數量多時，可進行專門的藥物防，可用50%殺螟硫磷乳油1000～1200倍，或2.5%敵殺死乳油2000倍液，或10%氯氰菊酯乳油2000～3000倍液等藥劑噴霧防治。
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