由于韭菜連茬栽培以及溫棚適宜的環境條件，使韭菜病蟲害發生逐年加重(如韭蛆、灰霉病、疫病等)，常規控制手段往往采取化學藥劑防治法，尤其是對難于控制的韭蛆的防治，濫用高毒、劇毒和高殘留農藥的現象普遍存在，其結果不僅導致病蟲抗性增加、韭菜減產降質，而且埋下了食用隱患。經過研究和實踐，總結出一套無公害韭菜病蟲害農業防治防治技術措施，供參考。

選用抗病品種

選擇豐產性好且又較抗病的韭菜品種，可根據當地情況靈活選用。

實行輪作倒茬

蔥、蒜、韭菜類蔬菜發生的病蟲害相似，容易相互侵染，所以韭菜播種或移栽時，前茬若是蔥、蒜類蔬菜，則地下害蟲尤其是韭蛆多，同時也會使菌源累積，加重病害發生，必然造成韭菜出苗串低，生長勢差。

因此，要盡可能將韭菜(包括蔥、蒜類)與其它蔬菜進行輪作，輪作年限應在3年以上。

精心整地和根際覆土

韭菜不耐水澇，因此整地要求地面平整，避免根際低洼積水。完全露地韭菜田，結合韭菜自身生理特點和肥水管理，在韭菜根部培1~2厘米的細沙土1~2次，可使韭菜“根白”高度年增加0.5厘米以上，還可阻止韭蛆成蟲在韭菜根際土縫中產卵。保護地拱棚韭菜一般在扣棚前覆土1次即可。

灌水滅蟲

露地韭菜在春、秋兩季韭蛆幼蟲發生時連續澆水淹沒根系2~3天；拱棚韭菜，分別在11月下旬和次年3月初進行冬灌、春灌。韭蛆發生嚴重的田塊，灌水量要淹沒壟背，可明顯減輕危害。灌水時若結合用藥，效果更好。