長期單獨施用生理酸性肥料，會使土壤變酸，而產生過多的活性鐵、活性鋁等有害物質，對作物造成毒害。
而同有機肥料混合施用，可以增加土壤的緩沖性能，防止土壤酸化。
如有機肥與過磷酸鈣或過磷酸鎂肥等混合，可以促進土壤中自生固氮菌的生長，增加作物氮素營養。
在秸稈還田和施用未腐熟有機肥時，加入化學氮肥，可以避免作物因早期缺氮而影響生長而供應的速度要緩慢，而且禾谷類作物成熟階段需要同時提供硝態氮和銨態氮，有機肥料能夠做到這一點。
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