食用菌菌種制作是食用菌栽培的前提，純度高的菌種是食用菌栽培取得豐收的關鍵。隨著食用菌產業的大發展，菌種的生產量不斷擴大，由于菌種污染而造成的經濟損失也在成倍地增加，這已成為食用菌發展不可忽視的問題。從菌種生產的各個環節入手，客觀地分析造成污染的原因，采取相應的預防措施，才能達到降低制種成本，提高菌種質量和產量的目的。減少食用菌菌種的污染可以采取以下措施：

合理安排食用菌接種時間

在夏季潮濕環境中，若溫度適宜，雜菌滋生蔓延快，而每年的7～8月份是制作蘑菇原種、栽培種的適宜季節，但此期各地普遍高溫多雨，雜菌非常活躍，也是菌種受污染最嚴重的時期。高溫季節，食用菌的接菌時間提前或延后，是降低雜菌污染的－條經濟有效的途徑。具體做法是在7～8月份的氣溫較低的時間段接菌，如早晨或晚上。當然，如果在有空調的室內接菌效果更佳。

科學配制食用菌菌種培養料

用于制作原種、栽培種的培養料，原料要新鮮，成團、結塊的料要打碎，難吸水的培養料應先用足夠的水拌濕，然后充分拌勻。培養料中拌入O.l%～O.2%的多菌靈可濕性粉劑，可抑制木霉和青霉的生長。用常壓滅菌，拌料后要及時裝瓶(袋)，上鍋滅菌，擱置時間不宜超過5小時。

食用菌菌種滅菌要徹底

在滅菌鍋內，試管要豎放，瓶(袋)擺放要留空隙，棉塞不能相互擠壓。根據培養料和容器裝置，確定滅菌蒸汽壓力(或溫度)和滅菌時間，注意排冷空氣，而且放氣速度要慢。

嚴格在無菌接種室(箱)中制作菌種

每個操作環節都要嚴格按無菌操作規程進行，進入接種室后要少走動、少說話。料袋滅菌后冷卻至不燙手時搬動，可減少袋壁破裂，接種環境清潔，接種室(箱)要密封和嚴格消毒。接種用具保持清潔，用前消毒處理，棉塞潮濕應更換滅菌過的干燥棉塞。

制作食用菌母種要細心

根據培養料性質、培養時間、滅菌方法等，選用合適的瓶或袋，培養料裝至離棉塞2～3公分處，抹凈瓶(袋)口，然后加棉塞，以免水分和培養料沾污。制作母種注入培養基時要細心，切勿將培養基沾在試管口上。加棉塞要松緊適中，若過松容易進入雜菌。

選擇菌絲健壯的食用菌作原種

選用無污染、菌絲生長健壯的適齡母種和原種，接種前認真檢查，并且不要用表層菌種接種。接種時最好破開瓶底，從下部接至表面2～3公分處。若以瓶口取種，應把上層2～3公分的菌種挖掉，然后接種。