西芹高產栽培，必須實行配方施肥。做到粗肥、細肥合理搭配，氮、磷、鉀三要素合理搭配，大量元素與微量元素合理搭配。增施有機肥料，可有效地解決微量元素缺乏，并可提高西芹植株的抗病性、抗逆性。因此，施肥時一般要遵循有機肥為主、無機肥為輔的原則。但由于種植習慣及肥料來源的限制，即使種植西芹這種經濟效益較好的作物，也難大量施用優質有機肥。每生產l000千克西芹，需吸收氮3.6千克，磷1.5千克，鉀6千克。實際施用量要遠高于吸收量。一般不計土雜肥的養分，按產量指標，依據單位產量的吸收量和施肥倍率來計算三要素的用量。目前，三要素的施肥倍率為：氮素化肥為2，磷肥為3，鉀肥為1.3。化肥以底施為主，氮肥底施為50%左右，磷肥90%底施，其余10%左右作前期追肥。鉀肥50%-60%做底肥，其余分期追施。不同地區、不同栽培水平、不同土壤肥力和質地，西芹單位產量吸肥量也不相同，要注意運用本地區的測定數據，有條件的可具體測量。

西芹對缺硼高度敏感，是易發生缺硼癥狀的作物之一。硼肥的增產效果也很明顯：施用方法也可分為底施、追施、葉面噴灑3種。以噴灑最為常用，其次是底施。硼肥多施用硼砂。噴灑濃度為0.2%-0.3%，每畝每次噴灑藥液50千克左右，緩苗后噴灑第1次，隔10天左右再噴1次，一般噴灑2-3次。底施或追施一般每畝施用硼砂0.5-1.0千克。

發生缺素癥狀時，其他微肥元素可進行葉面噴施。