經常施用化肥會造成土壤的酸化危害，硫酸銨、氯化銨、氯化鉀、過磷酸鈣等酸性化肥在連年大量施用蔬菜地后，會使土壤中殘留大量的酸類物質，使中性土壤變酸，酸性土壤更加酸化，既破壞了土壤微生物區系，又不利于大多數蔬菜的正常生長。長期施用化肥，尤其是連年多次施用硫酸銨、硫酸鉀、氯化鉀等，只能增加土壤中的硫酸根離子和氯離子的含量，而這兩種離子對土壤來說都是有害的離子，不但有害于蔬菜生長，還會使土壤產生次生鹽漬化，破壞土壤的結構，影響蔬菜對其他營養元素的吸收。蔬菜地長期過量施用化肥，不僅會對蔬菜造成危害，還會妨礙蔬菜對其他營養元素的吸收，引起缺素癥。例如，過量施用含氮化肥會引起蔬菜的缺鈣癥。硝態氮過多會引起缺鉬。鉀過多會降低鈣、鎂、硼的有效性。磷過多會降低鈣、鋅、硼的有效性等。

因此，蔬菜地應最大限度地施用有機肥或其他非化學氮肥，替代化學氮肥，在不影響蔬菜正常生長發育的前提下，盡量以圈肥、雞糞等有機肥和各種餅肥，代替化學氮肥，以防止蔬菜污染，減少化學肥料的殘留和對土壤造成的污染和破壞作用。