許多農作物不適當連作，其原因可以概括為化學、物理和生物學三個方面，其中有的原因比較清楚，有的還有待于探索和進一步研究。

一、化學因素

1、營養物質的片面消耗。在同一塊土地上連年種植同一作物，每年都將吸收相同種類的養分，從而引起營養元素的片面消耗，造成土壤中養分狀況的不平衡。

長期連作，土壤中營養元素的片面消耗，還易引起其他問題的產生。某些作物的連作大量吸收了土壤中的鹽基性營養元素，會造成土壤酸度提高，鹽基代換量小，有效磷的固定增大，減弱土壤中有效養分的保蓄能力。

有機質的消耗，又會影響土壤有益微生物的活動與可給態養分的補給，還會造成土壤物理性狀的惡化。

2、根系分泌對本身有害的物質。植物在其生命活動過程中常在根系和地上部分泌出化學成分不同的有機物質。某些作物的分泌物對本身是有害的，如用豌豆培養液的殘液來培養豌豆時，則發現有明顯的阻礙豌豆根系生長發育的現象。

二、物理因素

某些作物長期連作，會使土壤物理性狀顯著惡化而不利于作物的生長。如水稻長期連作，造成土壤緊實，容重加大，通透性變差；玉米、棉花等中耕次數較多的作物長期連作，對土壤團粒結構有明顯的破壞作用，也容易造成水蝕；花生等作物收獲后土壤疏松，長期連作，容易造成風蝕，不但損失養分，土壤結構也受到破壞。

三、生物學因素

1、雜草嚴重

各種作物有其伴生雜草，如狗尾草與粟、燕麥草與麥類、亞麻薺與亞麻伴生等。這些雜草的生理生態特性與作物相近，不易消滅，逐年連作，則混雜嚴重，導致產量下降、品質降低。另外寄生性雜草（如大豆菟絲子、向日葵列當、瓜列當等）連作后不易防除。