在連續多茬種植后，產量、品質都受到了很大的影響。連作障礙不單單是連作造成的，還因為長期不合理的農事管理。

科學合理的輪作換茬能夠提高產量，保持土壤結構和肥力。一要確定換茬作物，將生育期不同、茬口季節早晚不同的作物輪換以及同種作物熟期不同的品種搭配種植。二要錯開農忙季節，避免或緩和勞力緊張，保證各項農事作業如期完成，使各種作物都處于最佳的生長季節，從而獲得高產。三要注意換茬時期，一般是2～3年。

治理連作障礙就要從土壤改良做起，從大棚土壤管理的各個環節抓起。對于連作而造成的土壤惡化，需要輪作等多方面的土壤改良。

(1)實行輪作

茄科蔬菜可與葫蘆科蔬菜實行3～5年的輪作，蔬菜與玉米輪作等，可有效降低土壤鹽分，減輕連作危害。

(2)高溫悶棚、消毒

在7月份左右，也就是前茬作物拔秧后，每畝施石灰氮70～80千克、粉碎麥秸500～1000千克，旋耕，粑平。封嚴大棚薄膜，蓋嚴地膜后灌水，日曬15～20天后，大棚通風，并揭去地膜腺曬5～7天，再施肥、整地。

(3)深翻土壤，避免耕作層變淺

由于連年用旋耕機翻地，使土壤耕作層變淺，耕作層變淺不僅不利于根系深扎，而且還容易因澆水施肥而造成傷根。要杜絕連作使用旋耕機翻地，可用旋耕機耕地與人工深翻相結合的方法，人工翻地30厘米左右深，避免地表15～18厘米之下的耕作層形成硬底層，導致活土層(即耕作層)變淺。

(4)減少化肥的能用

土壤板結、“泛青”現象突出，可以說是常年大量施用化肥，土壤中有機質缺乏的表現，因而只有補充有機質才能解決土壤板結的現狀。

同時，有機肥營養全，可長期均衡地供應蔬菜生長所需的營養，避免蔬菜生長后期脫肥早衰的現象發生，是化學肥料所不能替代的。因此要重施有機肥，辣椒可畝用雞糞15立方米左右。

(5)增施菌肥，維護土壤微生物的平衡

菌肥不僅有降解土壤鹽害﹑改良土壤的作用，而且還有以菌抑菌預防蔬菜死棵、增加土壤有益菌數量﹑維護土壤微生物平衡的功效。定植時，可穴施大源落地生根抗死棵或激抗菌968壯苗棵不死等。