蘋果干腐病和蘋果樹腐爛病是蘋果枝干上的兩種主要病害，均能造成皮層腐爛，枝干或枝條枯死，病斑上均能形成小黑點，因而田間易被混淆。可從以下幾點加以區分：

1、潰瘍型

腐爛病發病初期多呈橢圓形紅褐色的病斑，病部組織松軟，稍隆起，水漬狀，皮層易于剝離，有酒糟味，病變組織深達木質部；后期病部失水下陷，變為黑褐色，病斑表面出現大而疏的黑點，潮濕時黑點上會冒出橘黃色的絲狀物。

而干腐病病斑初為不規則暗褐色斑，表面濕潤，常溢出茶褐色的黏液，皮層不易剝離，無酒糟味，病變組織也不達木質部；病斑失水后雖也干枯凹陷形成黑褐色的干斑，但病健交界處常開裂，病斑表面有縱橫裂紋；后期病斑上出現的黑點小而密，潮濕時黑點上冒出灰白色黏液。

2、枝枯型

兩種病害在長勢較弱的枝條上均能產生枝枯型癥狀，病勢發展迅速，使枝條枯死，但腐爛病病部紅褐色，形狀不規則，病斑邊緣不明顯，并迅速蔓延至整個枝條。

干腐病早期病斑為橢圓形的暗褐色或紫褐色病斑，上下迅速擴展成凹陷的條斑，病變組織可達木質部。

3、果實癥狀

腐爛病病斑紅褐色，圓形或不規則形，有輪紋，邊緣清晰，病組織腐爛軟化，略帶酒糟味。

干腐病病斑最初為黃褐色近圓形的小斑，后逐漸擴大成深淺相間的同心輪紋，條件適宜幾天內可使全果腐爛，形成黑色僵果。